Em 1973, após a implacável Guerra Lunar que durou seis anos, as espécies alienígenas hostis conhecidas como BETA – Seres de origem extraterrestre que são adversários da raça humana – invadiram a Terra, matando milhares de milhões e dizimando a Eurásia.
Embora o BETA possa ser destruído com armas convencionais, sua classe laser é capaz de destruir frotas inteiras de aeronaves, forçando a humanidade a desenvolver trajes de combate gigantes chamados Tactical Surface Fighters (TSF) para combatê-los.
Quando o BETA chega ao Japão em 1998, Yui Takamura, estudante da escola militar e piloto da TSF - ou eishi -, recebe a ordem de defender a última linha de defesa de Kyoto com seus colegas de classe.
Ao custo de inúmeras vidas humanas e do sacrifício dos amigos de Yui, o Exército Imperial Japonês consegue repelir os invasores, deixando um rastro de destruição.
No entanto, este encontro deixa Yui determinada a nunca mais permitir que algo assim aconteça.
Três anos depois, agora tenente, Yui se junta ao projeto XFJ, um programa de desenvolvimento TSF nipo-americano com sede no Alasca.
Em uma equipe internacional composta pelo não cooperativo piloto de testes nipo-americano Yuuya Bridges e vários eishi de países perdidos para o BETA, a tarefa de Yui é ajudar a desenvolver o novo TSF japonês Shiranui.
Em meio às tensões políticas herdadas da Guerra Fria, Muv-Luv Alternative: Total Eclipse segue a delicada missão de Yui e a jornada de Yuuya para superar os demônios do passado que ainda o assombram.
[Escrito por MAL Rewrite]
Esta sinopse foi traduzida automaticamente.