Num futuro distante, a humanidade encontrou uma maneira de viver para sempre através da compra de corpos mecânicos, mas este caminho para a imortalidade é extraordinariamente caro.
Um menino pobre, Tetsurou Hoshino, deseja comprar um passe no Galaxy Express 999 - um trem que viaja pelo universo - porque dizem que no final da linha quem está a bordo pode obter gratuitamente um corpo mecânico.
Quando a mãe de Tetsurou é morta a tiros pelo vilão híbrido homem-máquina Conde Mecha, no entanto, tudo parece perdido.
Tetsurou é então salvo da morte certa pela misteriosa Maetel, uma mulher alta com cabelos loiros e uma notável semelhança com sua mãe.
Ela lhe dá um passe para o Galaxy Express com uma condição: que viajem juntos.
Assim, Tetsurou inicia sua jornada através do universo para muitos planetas únicos e aventuras emocionantes, na esperança de conseguir aquilo que mais deseja.
[Escrito por MAL Rewrite]
Esta sinopse foi traduzida automaticamente.