Mikoto Misaka e seus amigos estão de volta, investigando rumores em Academy City.
Logo, Mikoto descobre algo aterrorizante: experimentos horríveis estão acontecendo por toda a cidade, envolvendo o assassinato de milhares de espers.
Além disso, esses espers estão longe de ser apenas pessoas comuns: são clones da própria Mikoto.
Sentindo-se responsável pelo tratamento, ela decide pôr fim às experiências;
no entanto, as forças que se opõem a ela são muito mais perigosas do que ela esperava, e Mikoto se depara com alguns dos espers mais poderosos que se possa imaginar.
Toaru Kagaku no Railgun S continua a história do Railgun enquanto ela luta desesperadamente para pôr fim aos experimentos desumanos que ela acredita ter ajudado a causar, sua vida arrastada para um profundo desespero no processo.
Nunca há um momento de tédio na Cidade Acadêmica, mas ninguém disse que todos eles seriam agradáveis.
[Escrito por MAL Rewrite]
Esta sinopse foi traduzida automaticamente.