Num longínquo futuro, a Aliança Galáctica Humana têm lutado constantemente pela sua sobrevivência contra uma grotesca raça de seres conhecidos como “Hidiaasu”. Durante uma batalha intensa, Redo e o seu mech Chamber são engolidos por uma distorção no tempo e no espaço. Ao acordar do seu estado de hibernação artificialmente induzido, Redo apercebe-se que chegou à Terra, um planeta fronteiriço completamente inundado onde as pessoas vivem em navios gigantes, recolhendo relíquias das profundezas dos oceanos. Redo chega a uma das frotas chamada Gargantia onde é forçado a conviver com Amy, uma garota de 15 anos que trabalha como mensageira. Para Redo que está habituado a viver em guerra estes dias de paz continuam a surpreende-lo.
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