À medida que a temporada muda da primavera para o verão, Makoto Yuuki permanece ao lado do Esquadrão Especializado de Execução Extracurricular (SEES).
A equipe continua a derrotar Shadows grandes e pequenos, mas agora eles enfrentam um novo inimigo: Strega, um grupo de usuários desonestos de Persona que desejam manter a Dark Hour a seu favor – parece que Strega pode conter uma pista para a verdadeira natureza da Dark Hour.
Enquanto SEES aproveita as férias de verão em Yakushima, eles se juntam a Aegis, um andróide amnésico projetado para destruir Shadows.
Embora ela prove ser uma aliada poderosa, ela se sente inexplicavelmente atraída por Makoto e permanece constantemente ao seu lado.
À medida que eles se aprofundam nos mistérios da Hora Negra, a natureza da misteriosa conexão que une os dois é lentamente revelada.
[Escrito por MAL Rewrite]
Esta sinopse foi traduzida automaticamente.