Um peixinho dourado foge de casa e flutua nas costas de uma água-viva.
Depois de ficar presa em uma jarra de vidro, ela chega à costa, onde é libertada por Sousuke, um menino de cinco anos que mora com sua mãe Lisa em uma casa à beira-mar enquanto seu pai Koichi trabalha em um barco de pesca.
Depois de curar um corte no dedo de Sousuke lambendo-o, o peixinho dourado é chamado de Ponyo por seu novo amigo.
Sem que Sousuke saiba, Ponyo já tem nome e família.
Seu pai, Fujimoto, um feiticeiro que abandonou sua humanidade para viver debaixo d'água, procura freneticamente por sua filha Brunhilde.
Ao ser encontrada e capturada, Ponyo rejeita seu nome de nascimento e declara que deseja se tornar humana.
Usando o poder recebido do sangue de Sousuke, ela cresce braços e pernas e escapa para a superfície mais uma vez.
Mas a magia libertada no oceano provoca um desequilíbrio na natureza, fazendo com que a Lua comece a sair de órbita e as marés fiquem perigosamente mais fortes.
Reunido com Ponyo, Sousuke deve passar por um antigo teste para restaurar a ordem no mundo e deixar seu companheiro viver como humano.
[Escrito por MAL Rewrite]
Esta sinopse foi traduzida automaticamente.