Mais 100 anos se passaram desde o final de Harukanaru Toki no Naka de 2 (200 anos após o anime original).
Isto é, no passado, muito pouco tempo se passou no futuro.
Um dia, Kasuga Nozomi encontra um garoto estranho em sua escola, que a envia através do tempo e do espaço até Kyou, um lugar em outro mundo que tem uma forte semelhança com Kyoto no final do período Heian.
Lá, o clã Minamoto ("Genji"), liderado por Minamoto no Yoritomo, está em guerra com o clã Taira ("Heike"), liderado por Taira no Kiyomori.
Os Heike esperam derrotar os Genji libertando espíritos vingativos para perturbar o fluxo natural de energia da Terra e aterrorizar a terra.
O menino revela ser a forma humana de Hakuryuu, o Deus Dragão Branco que protege Kyou, que está enfraquecido pela presença dos espíritos vingativos.
Como Hakuryuu no Miko (Sacerdotisa do Deus Dragão Branco), Nozomi se alia ao Genji porque Hakuryuu não pode mandá-la para casa até que seu poder seja restaurado...
(Fonte: AniDB)
Esta sinopse foi traduzida automaticamente.