Quatorze anos após o Terceiro Impacto, a Terra é um deserto pós-apocalíptico, a civilização humana está em ruínas e as pessoas que Shinji Ikari conhece estão quase irreconhecíveis.
Preso dentro da Unidade Evangelion-01, ele é recuperado do espaço por Asuka Langley Shikinami e Mari Illustrious Makinami, apenas para se tornar prisioneiro de WILLE, uma facção militar liderada por sua ex-guardiã Misato Katsuragi.
Frios e amargos, os seus antigos aliados vêem-no com suspeita e recusam-se a apoiá-lo enquanto ele aceita as consequências dos seus actos.
Um Shinji ferido e confuso é resgatado de WILLE por Rei Ayanami e retornado à sede da NERV.
Lá, ele conhece e rapidamente faz amizade com o enigmático Kaworu Nagisa, que lhe oferece carinho e visão sobre o estado da guerra da NERV com os Anjos.
Mas a breve trégua de Shinji e Kaworu ocorre na véspera de uma nova batalha, na qual Shinji descobre que seus inimigos não são mais anjos, mas ex-camaradas.
Neste amargo confronto para determinar o futuro do mundo, Shinji aprenderá em primeira mão que o passado realmente não pode ser desfeito.
[Escrito por MAL Rewrite]
Esta sinopse foi traduzida automaticamente.