Ayato Kamina foi separado da garota que amava, Haruka Mishima, quando ocorreu um evento que supostamente matou todos fora de Tóquio.
Mas um dia, três anos depois, invasores atacaram repentinamente a cidade.
Foi então que ele conheceu uma agente da TERRA, Haruka Shitow, que lhe disse que lhe contaria a verdade sobre o mundo.
É o início de uma série de eventos estranhos, que envolvem ele ativar um mecha gigante, o RahXephon e descobrir que muitas pessoas, incluindo sua própria mãe, têm sangue azul, e que ele estava realmente vivendo em uma dimensão auto-enclausurada onde o tempo se move mais devagar do que o do mundo exterior.
(Fonte: ANN)
Esta sinopse foi traduzida automaticamente.