Três anos após a conspiração do Projeto Babilônia ser resolvida, os membros da unidade Patlabor de Kiichi Gotou seguiram caminhos separados.
Gotou permanece com a equipe Patlabor, acompanhado por Shinobu Nagumo, sua paixão romântica e camarada.
Jogando com o ceticismo do público em relação à Força de Autodefesa Terrestre Japonesa, uma organização terrorista começa a trabalhar dentro das forças armadas para causar destruição e agitação civil em massa em todo o Japão.
Nagumo descobre que o cérebro por trás da crescente conspiração terrorista não é outro senão Yukihito Tsuge, seu antigo mentor e amante.
Gotou reúne sua antiga equipe Patlabor, liderada pela piloto Noa Izumi.
Liderando a equipe em uma missão para prender Tsuge, Nagumo deve aceitar seus complicados relacionamentos passados para salvar o Japão.
[Escrito por MAL Rewrite]
Esta sinopse foi traduzida automaticamente.