Após o encerramento do caso "Laughing Man", a Secção 9 é restabelecida pelo recém-eleito primeiro-ministro do Japão, Youko Kayabuki, para combater a ameaça persistente do ciberterrorismo.
Um grupo que se autodenomina “The Individual Eleven” começou a cometer atos de terror em todo o Japão.
Enquanto Motoko Kusanagi, Daisuke Aramaki, Batou e os outros membros da Secção 9 investigam esta nova ameaça, o governo japonês enfrenta uma crise separada, à medida que refugiados estrangeiros deslocados pela Terceira Guerra Mundial procuram asilo no Japão.
Mas à medida que os membros da equipa de operações especiais encontram continuamente Gouda Kazundo – um membro importante do Serviço de Inteligência do Gabinete – na sua caça, começam a suspeitar que ele pode estar envolvido e que os acontecimentos da crise dos refugiados e do Individual Eleven podem estar mais ligados do que imaginam...
[Escrito por MAL Rewrite]
Esta sinopse foi traduzida automaticamente.