Cem anos depois de mudanças catastróficas nas placas tectónicas terem causado a submersão da maior parte da sua área, o Japão prospera agora como uma nação marítima.
Cidades de alto funcionamento alinham-se nas costas do Japão e rotas marítimas bem desenvolvidas são defendidas por navios de guerra especializados.
A indústria marítima está a florescer e as jovens estão ansiosas por se juntar às Sereias Azuis – mulheres altamente qualificadas que dedicam as suas vidas à proteção dos mares.
Depois de algum tempo separados, as amigas de infância Akeno Misaki e Moeka China se reencontram na Yokosuka Girls' Marine High School.
Aqui eles se juntam a outros que compartilham o sonho de se tornarem Sereias Azuis.
Logo, os exercícios de treinamento começam, com Akeno e Moeka sendo encarregados de seus próprios navios e tripulação.
Tudo está progredindo bem para Akeno enquanto ela assume seu papel de capitã e constrói camaradagem entre seus colegas tripulantes a bordo do Harekaze, um navio destruidor.
No entanto, falhas inesperadas no motor e na navegação logo deixam o navio encalhado e a tripulação em perigo.
High School Fleet segue a valente tripulação do Harekaze enquanto eles navegam em águas traiçoeiras e outros obstáculos em sua busca para se tornarem Sereias Azuis de pleno direito.
[Escrito por MAL Rewrite]
Esta sinopse foi traduzida automaticamente.